顯微鏡的使用一般步驟：
一、取鏡
1. 右手握住鏡臂，左手托住鏡底（若使用者為左撇子，則相反。下同）
2. 把顯微鏡放在試驗臺上，略偏左（顯微鏡放在距試驗臺邊緣7厘米左右處。）安裝好目鏡和物鏡。
二、對光
3. 轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔（物鏡的前段與載物臺要保持2厘米的距離）。
4. 把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內（右眼睜開，同時畫圖）。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
三、觀察
5. 觀察。將切片或裝片放在載物臺上，標本正對通光孔中心。轉動粗準焦螺旋（順時針），俯首側視鏡筒慢慢下降，之二到物鏡接近切片（約0.5cm），左眼觀察目鏡，（反時針）旋轉粗準焦螺旋，使物鏡筒慢慢上升，看到物像時輕微來回旋轉細準焦，直到物像清晰。觀察時兩眼都要睜開，便于左眼觀察，右眼看著畫面。側面觀察降鏡筒→左眼觀察找物像→細準焦螺旋調清晰。
6. 裝片的制作和移動：制作：滴清水→放材料→蓋片。移動：物象偏在何方，就將載玻片向何處移動。
7. 高倍鏡的轉換，找到物像后，把要觀察的物像移到視野中央，把低倍鏡移走，換上高倍鏡，只準用細準焦螺旋和反光鏡把視野調理清晰，知道物像清楚為止。順序：移裝片→轉動鏡頭轉換器→調反光鏡和光圈→調細準焦螺旋。
8. 完畢工作。使用完畢后，取下裝片，轉動鏡頭轉換器，逆時針旋出物鏡。旋進鏡頭盒；取出目鏡，插進鏡頭盒，蓋上。把顯微鏡放正。注：換高倍物鏡時只能移動轉換器，換鏡后，只準調節細準焦和反光鏡（或光圈）。
注意事項：實驗完畢，把顯微鏡的外表擦拭干凈。轉動轉換器，把兩個物鏡偏到兩旁，并將鏡筒緩緩下降到較低處。較好把顯微鏡放進物箱里，放回原處。
